据本馆史册的记载, 在清道光年间 (1821 -1850 年), 海南人开始南来登州, 当时的乡贤翁邦玺, 眼见同乡没有居所, 於是毅然拨资在现回春馆处, 盖建一间茅舍作为临时住所, 后在另一先贤翁荣焕的呼吁下, 发起修葺扩建茅舍, 让更多同乡有地方可安身, 这即海南人早期所称的" 公司厝" 了.

后来有一帆船由祖国航向本邦, 不幸于墨江破舟沉陆, 一位先贤从破舟中拾获一尊水尾圣娘神像, 便带回" 公司厝" 奉为正神, 定时奉祀, 并称为水尾圣娘庙, 也改称为 "登嘉楼琼州会馆".

过了不久, 一些同乡鉴于原有茅舍台地湿秽, 在何启潘、严崇义、陈元时、陈声进、冼世昌、黄振明、何敦书、符戴经、林天行及吴声秀等先贤便发起于过山街购一地皮, 兴建两栋宫殿式房屋的琼州会馆, 一为天后宫, 另一为会馆办事处. 据父老们说, 当时的建筑师, 泥匠及材料等皆从中国海南岛海运过来, 并历时六年方才建成, 而原有水尾圣娘庙则改为回春馆，作为殡仪用途.

这座琼州会馆会所, 于 1896 年春吉日举行开幕, 当时的社团组织尚属自由性质, 未有法定机构, 至 1928 年始立定章程, 向当地政府注册备案, 并获华民政务司批准.

在1929 年, 本馆第一届董事部宣告成立, 翁方昌和许书轾被选为正副总理. 于1941 年, 日军南侵本邦, 战火漫天, 使到馆方活动受到限制, 即时停顿. 1946年本邦光复, 筹备复建, 翁方昌再续任总理, 翁诗芬任副总理, 在董事们协力下, 馆务渐复旧观.

在 1950 年, 许声琦担任总理, 馆务渐入规范.

在 1958 年, 于甘光奈路( 现为哥打街) 购得一地皮, 面积约三依吉, 便组织建馆委员会, 由当时总理傅荫川担任建委会主席, 积极展开筹建工作, 并筹获约二十万的捐款.

在 1960 年新馆终於落成, 并于1961 年1 月28 日敦请本州苏丹殿下主持开幕剪采典礼及致御词, 为本馆当年盛事. 此新馆是四间店面作两间建筑, 每间阔四十尺，长九十尺三层大厦, 建筑费约二十万, 一间为本馆办事处, 一间租予南岛酒店，供商业用途.

在 1964 年陈世楠被选为总理, 关注青年活动, 于1967 年创办铜军乐队. 董事会并在1968 年成立青年团, 引导青年进行有益身心活动.

在 1970 年邢诒垣担任总理, 董事们在关心会员子女教育的大前提下, 设立大学贷学金及中小学奖励金.

许振榜在 1974 年接任总理, 许氏为一名实业家, 积极领导会馆, 并购置本馆右边地皮, 准备将来兴建另间大厦, 藉以巩固本馆经济基础.

在1982 年林猷凤担任总理, 并于1986 年修改章程, 以便配合时代要求, 其中一项是将总理职改为会长职.

1988 年, 杨昭泰担任会长, 努力推动馆务.

1990 年陈升教担任会长, 发动主办 海南岛琼剧团义演, 筹获七万元修葺及美化天后宫. 董事会并在1994 年成立妇女团, 藉此推动有益妇女们的活动.

在 1995 年本馆在旧馆旁再兴建一栋三间店面高三层的新厦, 由当时会长陈升教担任建委会主席, 并获芙蓉海南剧团相助义演, 筹获三十万的建馆费. 在 1996 年中新厦完成建设, 新厦二楼及旧馆二楼打通, 作为本馆的礼堂用途. 如今, 本馆共拥有七间店面的大厦, 此乃吾琼籍人士, 团结一致, 群策群力所达到的成果.

在2002年, 在会长周尧局绅及董事们的集体领导下, 本馆全面装修一楼办公处, 使到本馆拥有完善的现代化设备, 包括办公室、会议室及贵宾室等，让本馆展现新的面貌.

2003 年 5月 30日至 6月1日第一次主办海南联合会第33 届会员代表大会, 暨庆祝本馆扩建新厦开幕典礼、本馆成立108 周年、青年团36 周年及妇女团10 周年纪念盛会.

2005年黄顺庄担任会长，2008年蝉联会长。